Fue fundada como una reducción el 4 de Febrero de 1627 por los jesuitas Pedro Romero, Roque González de Santa Cruz y Nicolás Mastrilli Durán, quienes le dieron el nombre de "Nuestra Señora de los Santos Reyes Magos de Yapeyú o Nuestra Señora de los Tres Reyes de Yapeyú. Es la Cuna del Padre de la Patria, General José Francisco de San Martín.

La localidad se encuentra en una zona de suaves colinas en el este de la provincia de Corrientes, a orillas del río Uruguay, que señala la presente frontera internacional de Argentina con Brasil.

Yapeyú está comunicada principalmente mediante la RN14 que corre al oeste del casco antiguo de la población. La distancia a la capital de la provincia es de 395 kilómetros.